¿Es fósil un sustantivo contable?

No,

como dijiste, fósil es un sustantivo contable,

fósil en sí tiene el significado de pieza,

así que Digamos

un fósil

dos fósiles

Su uso es diferente al de pastel.

Ejemplo:

Fósiles han sido encontrados en un sitio de excavación reciente en Egipto.

Dos fósiles se remontan al período prehistórico de la evolución humana.