¿Por qué no se pueden diseñar varios cebadores uno tras otro?

Es fácil formar dímeros de cebador, lo que afectará a la eficiencia de la PCR.

Intenta no tener cuatro bases consecutivas que sean iguales, ya que esto puede formar fácilmente dímeros de cebador y afectar la eficiencia de la PCR. GC tiene una capacidad mucho mayor para controlar la temperatura de hibridación que AT, por lo que si hay tres G o tres C, pueden hibridarse en las posiciones correspondientes en la plantilla, formando la conformación de unión de la enzima Taq, amplificando así, porque los 5 -end La amplificación aún es posible sin un enlace específico.

El extremo 3' no debe exceder 3 G o C consecutivos, como GGG o CCC, porque esto hará que el cebador se active erróneamente en la región de secuencia rica en GC. La última base en el extremo 3' del cebador tiene un gran impacto en la eficiencia de la síntesis de ADN de la enzima Taq.