¿Se puede modificar el zip firmado?

Sí

El archivo zip es en realidad un archivo comprimido. Es como un equipaje con el que cargamos nuestro desorden. Simplemente armando ese lío. Por lo que puede incluir varios archivos como imágenes, música, archivos ejecutables o tablas de texto, etc.

La forma más sencilla si quieres modificar parte del contenido. Es decir, primero descomprima el archivo comprimido, luego busque los archivos correspondientes para modificarlos y modifíquelos, y luego comprima estos archivos en un archivo comprimido nuevamente. Eso es todo, modificando el contenido del archivo comprimido.