Principios de diseño de imprimaciones para el diseño de imprimaciones
1. La longitud del cebador es generalmente de 15 a 30 pb, y el de uso común es de 18 a 27 pb, pero no supera los 38 pb.
2. generalmente entre 40% y 60%, siendo apropiado entre 45 y 55%, y el contenido de GC y el valor de Tm de los cebadores aguas arriba y aguas abajo deben mantenerse cerca del valor de Tm de la secuencia plantilla correspondiente; para el cebador es mejor alrededor de 72 °C, al menos 55-80 ℃, es mejor elegir una curva de valor de Tm cercana a los 72 grados. La forma descendente de 5' a 3' también favorece la combinación de cebadores y plantillas;
4. Entre cebadores: entre dos cebadores no debe haber más de 4 bases complementarias u homólogas, de lo contrario se formarán cebadores-dímeros, especialmente se debe evitar el solapamiento complementario en el extremo 3'.
Información ampliada:
El diseño del cebador es un pequeño trozo de ADN o ARN monocatenario, que sirve como punto de partida para la replicación del ADN y se utiliza como extensión de cada cadena de polinucleótidos. Durante la reacción de síntesis de ácidos nucleicos, la cadena polinucleotídica que funciona como punto de partida se sintetiza en forma de cadena diéster en el 3′-OH del cebador, por lo que el 3′-OH del cebador debe estar libre.
El valor ΔG (energía libre) refleja la fuerza de la unión entre el cebador y la plantilla. El valor ΔG en el extremo 3' debe ser relativamente bajo y el valor absoluto no debe exceder 9; de lo contrario. no favorecerá el inicio correcto de la reacción. El extremo 3'. Cuando el valor de ΔG de doble cadena es 0-2 kcal/mol, el rendimiento de la PCR alcanza casi el 100 %, pero sólo alcanza el 40 % a -6, menos. del 20% en -8, y cerca de 0 en -10.
Enciclopedia Baidu-Diseño básico