Todas las aplicaciones de Android permiten permisos de SMS. No sé para qué se utilizan. ¿Está bien si todas están deshabilitadas?

Por supuesto que está bien si está prohibido. El mecanismo de software de Android es así. Algunos programas requieren inexplicablemente permiso para permitir mensajes de texto.

Puedes prohibirlos todos, pero al menos permite que los programas de SMS tengan permisos de SMS.

Cuando encuentres un programa de uso normal y el programa requiera la función de leer mensajes de texto, simplemente actívalo. Deshabilitar los permisos de un programa solo afectará el funcionamiento de ese programa. No tiene nada que ver con el sistema y otros programas.