¿Cómo has estado?

La estructura básica del presente perfecto: have+participio pasado del verbo

Have es el verbo auxiliar que forma el presente perfecto del verbo, que significa "desde xx tiempo ".

Been es el participio pasado del verbo be.

are es la segunda persona del tiempo simple del verbo to be.

En este sentido la estructura de las dos frases siguientes es la misma:

¿cómo has estado? = ¿cómo estás?