La diferencia entre todo va bien y todo va bien.

El énfasis y el contexto de estos dos modismos son diferentes.

El énfasis es diferente: todo está sujeto al resultado final, si cumple con tus expectativas y deseos. Todo va bien, pero se presta más atención a que todo el proceso transcurra sin problemas y sin obstáculos ni dificultades.

Diferentes contextos de uso: En la vida diaria es más común utilizar “todo está bien”, que es una expresión más general y versátil. "Todo lo mejor" se utiliza a menudo en algunos contextos o situaciones formales específicas, como escribir una carta a un amigo o familiar, o en un discurso o discurso formal.